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Les insectes à la croisée des disciplines
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Purée d’insectes

Purée d’insectes | EntomoScience | Scoop.it
Connaissez-vous la technique du metabarcoding ? Bérénice L'Epée vous l'explique... à sa manière.
 
31 mai 2022
par Bérénice L'Epée
 
[Image] SP - Wikimedia Commons - Larissa Fruehe
 
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Nommer, décrire et classer le vivant

Nommer, décrire et classer le vivant | EntomoScience | Scoop.it

"Aujourd'hui c'est la journée mondiale de la biodiversité, découvrez ou re-découvrez l'article de @pgISYEB , Romain Garrouste et @TonyRobillar de l'@ISYEB_UMR paru dans @FR_Conversation "Pourquoi ne connaît-on que 20 % du vivant ?"

 

ISYEB sur Twitter, 22.05.2021
https://twitter.com/ISYEB_UMR/status/1395991504259362817

 

____________________________________________

 

Pourquoi ne connaît-on que 20 % du vivant ?

Par Philippe Grandcolas, Romain Garrouste et Tony Robillard , 05.11.2020

 

"... Qu’il s’agisse de lutter contre une espèce pathogène, d’en protéger une autre contribuant au fonctionnement des écosystèmes ou encore de sélectionner une plante pour son jardin, nous avons besoin de nommer les espèces. Consommer un champignon toxique constitue ainsi une erreur taxonomique potentiellement fatale…

Nommer, décrire et classer le vivant

Depuis la fondation de ces sciences – systématique et taxonomie –, notamment par le naturaliste suédois Karl Von Linné en 1758, de très nombreux scientifiques et naturalistes ont parcouru le monde et répertorié les espèces vivantes. À cette époque, il suffisait de quelques échantillons préservés dans un musée, d’une publication accompagnée d’une description et d’un nom et le tour était joué !

 

Depuis, les progrès ont été colossaux : dès le XIXe siècle, les règles de la science ouverte ont prévalu en taxonomie, permettant que toutes ces connaissances soient accessibles, compatibles et réutilisables, selon le principe FAIR et grâce au développement des Muséums et de leurs collections accessibles ; soulignons aussi l’instauration des règles de nomenclature (sur « comment donner des noms ») qui préservent la cohérence du système des noms et des classifications.

 

Depuis quelques décennies, les descriptions des organismes intègrent des dimensions moléculaires, avec notamment un barcoding génétique et tous les outils du numérique aidant aux descriptions et aux identifications (systèmes experts, images 3D anatomiques, vidéos, et enregistrements sonores, etc.).

Les classifications reflètent aussi l’état des connaissances sur l’évolution du vivant, car elles intègrent autant que possible les relations de parenté entre les espèces – les phylogénies – avec des arbres basés sur l’analyse de l’ADN.

 

Les classifications gagnent ainsi non seulement en sens mais aussi en stabilité à mesure que les recherches progressent. Cela permet à chacun de comprendre que les espèces appartiennent à des groupes d’organismes issus de l’évolution ; ainsi, l’espèce humaine – Homo sapiens – est un animal vertébré, mais plus précisément un mammifère et un primate. L’appartenance à ces catégories, basée sur des attributs particuliers (les vertèbres des vertébrés, par exemple), permet de situer les espèces et les groupes les uns par rapport aux autres.

Quelles espèces découvre-t-on encore ?

Mais pourquoi connaît-on si peu du monde vivant qui nous entoure malgré cet effort d’inventaire initié au XVIIIe siècle ?"

(...)

 

 

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La consécration de plus de 7 ans de travail : Les mantes de Sangha

La consécration de plus de 7 ans de travail : Les mantes de Sangha | EntomoScience | Scoop.it
Diversity of mantids (Dictyoptera: Mantodea) of Sangha-Mbaere Region, Central African Republic, with some ecological data and DNA barcoding
 
Nicolas Moulin, Thibaud Decaëns, Philippe Annoyer
 
Journal of Orthoptera Research,  24.121.2017

"... This is the first synthesis published about Mantodea in CAR. Some new species are present in the genera Cataspilota, Galepsus and Chlidonoptera. Taxonomic revisions of these genera are in progress. Some genera need global revision like Plistospilota, Miomantis, Entella, and Galepsus. This type of work is the first on the mantids in Central Africa since the various inventories carried out in the sixties and seventies, which were mainly based on lists of species. The contribution of data on ecology and biogeography is a novelty."

 

[via] Moulin Nicolas sur Twitter, 25.11.2017 : "La consécration de plus de 7 ans de travail. Les mantes de SANGHA https://t.co/wjV4VxtaaD"
https://twitter.com/nmentomo/status/934128517058584576


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ADN : Comment le metabarcoding permet-il d’évaluer les effets des sécheresses sur les insectes ?

ADN : Comment le metabarcoding permet-il d’évaluer les effets des sécheresses sur les insectes ? | EntomoScience | Scoop.it
Les sécheresses sont devenues monnaie courante, et avec elles le dépérissement de certains peuplements forestiers. Ce changement de l'environnement impacte-t-il aussi les communautés d'insectes ? Réponse avec une technique prometteuse : le metabarcoding ADN !

 

19 fév 2022 à 18h00
Par Romain Fouchard (abonnés)

"Pollinisation, régulation des populations, décomposition des matières organiques... Les insectes sont à la base de bon nombre de fonctions essentielles aux écosystèmes forestiers, dont ils représentent près de 60 % de la biodiversité animale. Malheureusement, leur groupe est actuellement en déclin. Un phénomène d'autant plus difficile à estimer que les travaux en ce sens portent souvent uniquement sur quelques groupes emblématiques et bien connus – lépidoptères (papillons), coléoptères (scarabées) et hyménoptères (abeilles, guêpes, frelons). Le consortium CLIMTREE est né en réponse à un appel à projets international visant à mettre en avant le rôle des montagnes (...)"

 

 

[Image] Photo : Piège pour capturer des insectes dans une parcelle expérimentale à haut niveau de dépérissement forestier dans le Pays de Sault, Pyrénées françaises. Crédit : INRAE

 

via INRAE INSTIT https://www.inrae.fr/actualites/metabarcoding-adn-insectes-evaluer-letat-sante-forets

 

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Actualité en relation :

 

Le metabarcoding ADN sur insectes pour évaluer l'état de santé des forêts - De www.cnrs.fr - 18 janvier, 19:16

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Les codes-barres ADN révèlent 21 potentielles nouvelles espèces de microlépidoptères européens

Les codes-barres ADN révèlent 21 potentielles nouvelles espèces de microlépidoptères européens | EntomoScience | Scoop.it
A l'aide des codes-barres ADN (métabarcoding), il a été possible d'identifier 21 nouvelles espèces de microlépidoptères de la famille des Gracillariidae en Europe

 

Par Carlos Lopez-Vaamonde – Antoine Guiguet – Rodolphe Rougerie, 05.03.2021
 
"Pour contourner ce verrou taxonomique, plusieurs techniques ont été développées dont les codes-barres ADN (ou DNA barcoding). Le principe est d’utiliser un court fragment standard du génome et de le comparer à d’autres séquences identifiées au sein de librairies de références. Ainsi, ces bases de données de codes-barres ADN représentent un système global d’identification moléculaire. La plus développée aujourd’hui est BOLD (Barcode of Life Data Systems www.boldsystems.org) ; elle contient déjà plus de 8 millions de séquences représentant un demi-million d’espèces."
 
Lopez-Vaamonde, C., Kirichenko, N., Cama, A., Doorenweerd, C., Godfray, C., Guiguet, A., Gomboc, S., Huemer, P., Landry, JF, Lastuvka, A., Lastuvka, Z., Kyungmin L., Lees, D., Mutanen, M., van Nieukerken E., Segerer, A., Triberti, P., Wieser, C. & Rougerie, R. (2021) :
 
  • Evaluating DNA barcoding for species identification and discovery in European gracillariid moths. Frontiers in Ecology and Evolution 9:626752

 

Front. Ecol. Evol., 18 February 2021 | https://doi.org/10.3389/fevo.2021.626752

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→ Les codes-barres ADN révèlent 21 potentielles nouvelles espèces de microlépidoptères européens | INRAE INSTIT - De www.inrae.fr - 10 mars, 13:03

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